主要品系
锦鲤品种的划分主要根据其发展过程中产生的不同颜色以及不同的鲤种而分成若干大品系。由于锦鲤发展的历史比较短，所以它所产生的后代不像其他动物遗传比较稳定，而只能从大的品系来划分。
大正三色
大正三色是日本锦鲤的代表，底色为纯白色，花纹图案有红色和黑色组成，故称大正三色。产生于1951年。在花色讲究上除底色要求纯白，红色要鲜红浓重，图案边缘清楚外，其着色头部还不应渲染眼鼻、颊部及顶端吻部。尾部也要达到尾基，胸鳍以有2-3条黑纹为好，但头部无黑斑。其主要品种有口红三色(吻部唇红)、赤三色(头至尾基部有大面积红斑)、德国三色和德国赤三色(是德国镜鲤种的锦鲤)、富士三色、衣三色、鹿子三色、三色秋翠、大和锦、金银鳞三色、丹顶三色等。
昭和三色
昭和三色是锦鲤主要品种之一，其底色为黑色，有红白花纹点缀形成美丽的图案，胸鳍有头部延伸的黑斑。产生于1927年(昭和2年)。其在花色构置上黑色底色为基础，头部有片红色花斑，红质纯正，边缘清晰，纯白色分布于头尾及鱼体背部。观赏的焦点在前半部。昭和三色与大正三色有特别相似之处，如不能掌握要点很容易混淆，主要表现在以下三个方面:
1）大正三色头部不能出现黑斑，而昭和三色却有之。
2）大正三色黑斑是用以点缀图案，在三种颜色中所占比例较少，一般分布于侧线鳞以上背部;而昭和三色黑色所占比例较大，且分布在鱼体各个部位包括腹部。
3）大正三色胸鳍只有少量黑条纹，而昭和三色基部有较大的黑斑。昭和三色的主要品种有绊昭和、近代昭和、德国昭和、金银鳞昭和、丹顶昭和等。
红白
白底上衬有红色花纹的锦鲤称之为红白(育成此种的时间是1917年)。如果说大正三色、昭和三色能给人们欣赏锦鲤以雍容华贵之感，而红白则能给人们以质洁高雅的享受。红白的基调底色为纯白色，像雪一样白，红色则鲜艳无比，类似金鱼中鹤顶红的颜色。这两种颜色在鱼体背部形成美丽的花纹，所以有人在欣赏红白锦鲤时常用“始于红白，而终于红白”的语言形容，其意思指锦鲤最早出现的是红白颜色，以后不断出现其他品种而受到人们的赏识，但在长期的饲养过程中反复品味，最后还是觉得红白最为高雅。红白的花纹以大块花纹均匀分布左右对称为佳。但花斑的分布头部不可渲染到眼、颊部和吻部，尾部花纹要距尾鳍基部2cm左右为好。头部应有大块红斑，否则称为“和尚”。鱼体肩背前半部也应有较大斑纹而形成观赏的焦点，后半部应有小块花纹衬托前半部。切忌后半部的斑纹重于头肩部而失去观赏的主题。红白的主要品种有二、三、四段红白，闪电红白，德国红白等种。
代表品种
松叶黄金
光无地（Hikari Muji）是全身发光，但无花纹的素色锦鲤。但鱼鳞带黑的松叶鲤亦被视为光无地，称之为“松叶黄金”。松叶黄金又称为“金松叶”（Kinmatsu ba），在“空鲤”系统的锦鲤就称为“银松叶”（Gin matsuba）。所产出的锦鲤是背顶及下腹部呈红色，头部、鳍均发出红色光泽，躯体是红褐色的松叶黄金。但到了2岁时即开始带黑变成了黑地浮红的锦鲤。常见的松叶黄金是经过改良的类型。松叶黄金的特征是躯体本身发光，而体上鱼鳞一片一片均有浮现松叶状的黑色斑。虽是黄金种，松叶鲤如果其鱼鳞排列紊乱就不行，一度水族网认为所谓鱼鳞并列之美是松叶鲤最精彩之处。
金松叶
“金松叶”是“松叶黄金”的别称，是显示茶褐色系统的黄金种特征，是金色松叶之意，肌地色调浓厚者光辉很强。“金松叶”白肌地色调浓厚的到山吹色（金黄色）淡薄的有各类，经过改进，头歆秃头、光辉强的为主流，可是或许太倾向山吹色（金黄色）致松叶纹减弱了。
银松叶
“银松叶”是银（空鲤）加松叶之意，银松叶之精彩处是与金松叶完全相同。头部及背顶应以白金为基台发出光辉，胸鳍要如银扇一般发光而且覆轮昏光泽要尽可能延至腹部，始可被认为是高级品。
德国黄金
德国黄金是以镜鲤为基本，所以背部及两腹部排列大鳞为精彩之处，但在池水中，其无鳞之处特别发光。另一方，鱼鳞退化的革鲤德国黄犹如金属加工造型品，但无论如何闪闪发光，比之镜鲤在品位上略逊一筹。又大鳞相叠的“铠鲤”，无论光辉多好，仍无鉴赏价值。一度水族网认为德国鲤是以鳞排之美为重点。
德国山吹
“德国黄金”、“山吹黄金”之德国鲤称为“德国山吹”。山吹是棣堂花，表示金黄色。
德国鼠黄金
鼠灰黄金之德国种称为德国鼠黄金，是要产出变种鲤时作为亲鲤使用。
德国白金
白金黄金鲤之德国种称为德国白金。
德国橘黄金
橙黄黄金鲤之大半均属德国种。
罗汉银罗汉
自德国黄金产出的墨黑德国黄金鲤称之为“罗汉”，其银色光泽者即称之为“银罗汉”。是在昭和30年代（1955）出现，其背顶及胸鳍发出暗褐光泽，犹如木刻佛像古董。昭和33年（1958），南荷顷的不泽久作氏以“金兜”（Kin Kabuto: 金色头盔之意）雌性鲤与德国三色的雄性鲤交配产出者其体色特优，但终于不能大成，已经很少见到。
德国黑鲤
德国黄金采苗时，会产出很多德国黑鲤。但大都是漆黑的劣质货，不值得称为光辉的罗汉，是作为筛选时淘汰舍弃的下级鲤。