鸸鹋在仲夏时间配对，一对约占领30kO的领域。天气凉下之后，雄鸸鹋体内激素变动，食欲下降，开始在地上用树枝、树叶、树皮和草建巢。鸸鹋或出双入对，或三五成群，极少见有踽踽独行的。鸸鹋的成熟期长达3年，一只成年雌鸟只在每年的11月至翌年的4月产蛋，每次7-15枚，而孵卵的责任由雄鸟来承担。在整个孵化期间，雄性在长达两个半月的时间里几乎不吃不喝，表现出极强的“父爱”，它们完全靠消耗自身体内的脂肪来维持生命，直到小鸸鹋脱壳而出。每次孵化后，雄性体重会降低许多，雏鸟出壳后，仍由父亲照料近2个月。
雌雄鸸鹋每隔一两天交配一次，交配后鸸鹋会生下深绿色的蛋，蛋壳很厚，约一斤重。大约生了七个蛋之后，雄鸸鹋开始坐在蛋上孵蛋。从此雄鸸鹋不吃不喝，每天之因需要翻转蛋的时候才会站起来10次左右。在大约8周时间，它靠体内的脂肪生存，每天只喝一点晨露。在这段时期，雄鸟不会离开鸟巢。雏鸟在出生后会跟随父亲两年。
雄鸸鹋开始孵蛋之后，雌鸸鹋继续生蛋，但是不再与它交配。雌鸸鹋一般下蛋8至10只，有时也会有10-25只。与很多其他澳洲鸟类一样，鸸鹋不是忠实的一夫一妻制，每当雄鸟开始孵蛋，雌鸟便会与其他雄鸟交配。一窝雏鸟之中，可达一半是雌鸟和其他雄鸟的产物。
有些雌鸟会留守鸟巢直至雏鸟破壳而出，但大部份下蛋后不久便会离巢，而且往往在别处再筑巢；如果天气良好，一只雌鸸鹋可以下三窝蛋。在热带北部，季节与澳洲相反，雨季在夏天，鸸鹋会在雨季前交配。据可靠的报告所述，如果雨季迟来，鸸鹋交配亦会顺延。
虽然有雄鸸鹋坚守鸟巢，但鸸鹋蛋仍然常被偷去，其中以巨蜥为甚；据估计，每五只孵出的小鸸鹋当中，有四只可以平安长至成年。
鸸鹋是早成雏，新孵出的小鸟很活跃，几天之后就可以离开巢。开始大约25厘米高，身上有棕黄色的条纹。3个月之后条纹淡化消失。鸸鹋父亲至少抚养它们6个月。
雄鸸鹋往往会收养任何流浪的雏鸟，只要这些小鸟不会大于雄鸸鹋自己的孩子。小鸸鹋长起来非常快（一周最多可以长一公斤），12-14个月之后就长成大鸟。它们很多和父母继续一起生活6个月，之后分家开始抚育第二代。野生鸸鹋可以活10年，家养的可以活20多年。
