南方芥菜和北方芥菜的区别表现在名称和收获时间上，其中南方荠菜别名为大头菜、芽菜、荠菜等，而北方荠菜别名为野菜，且南方荠菜通常在每年春季的5月份成熟，而北方荠菜通常在每年秋季的7月份成熟。
1、名称不同
南方荠菜和北方荠菜在南北各地的名称不同，其中南方荠菜又被南方人叫作大菜、芽菜或者大头菜，而北方荠菜被北方人叫作野菜或者咸菜，且南方荠菜主要食用叶子，而北方荠菜主要食用根部。
2、收获时间
南方荠菜和北方荠菜的收获时间不同，其中南方荠菜可以在每年的春夏秋季节进行栽种，春季栽种时收获时间在每年的5月份，而北方荠菜可以在每年的春季和秋季进行栽种，春季栽种时收获时间在每年的7月份。
3、提供水分
荠菜在生长过程中需要充足的水分，养殖荠菜时，需要在植株出苗后，每隔一周浇一次水，保持土壤湿润，并在雨季时期将土壤中的积水排出，以免荠菜生长不良，而且要将荠菜上溅到的泥浆冲洗掉，使植株正常生长。
4、养护管理
荠菜的植株较小，容易与杂草混淆，养殖荠菜时，需要选择杂草较少的地方进行栽培，并定期巡查荠菜田地，及时将杂草拔除掉，并且要在荠菜长出2-3片真叶时，为其提供腐熟的有机肥料，使荠菜旺盛生长。
南方芥菜叫法：大头菜、大菜、芽菜等。 北方芥菜叫法：芥菜或野菜。
芥菜（学名：Brassica juncea (L.) Czern. et Coss. ）是十字花科，芸苔属一年生草本植物，高可达150厘米，幼茎及叶具刺毛，有辣味；茎直立，叶片柄具小裂片；茎下部叶较小，边缘有缺刻或锯齿，茎上部叶窄披针形，边缘具不明显疏齿或全缘。
总状花序顶生，花后延长；花黄色，萼片淡黄色，长圆状椭圆形，直立开展；花瓣倒卵形，长角果线形，种子球形，紫褐色。3-5月开花，5-6月结果。
中国各地栽培。叶盐腌供食用；种子及全草供药用，能化痰平喘，消肿止痛；种子磨粉称芥末，为调味料；榨出的油称芥子油；本种为优良的蜜源植物。